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長崎県の高校からドラフト会議で指名された選手を記載しています。ドラフト外はこちら| 海 星 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 松尾 格 | 海星高→1972ロッテ3位 | 1971 1972 |
| 酒井 圭一 | 海星高→1976ヤクルト1位 | 1976 |
| 平田 勝男 | 海星高→明治大→1981阪神2位 | 1976 |
| 大久保 勝也 | 海星高→1985大洋6位 | |
| 堀 幸一 | 海星高→1987ロッテ3位 | |
| 松永 浩典 | 海星高→三菱重工長崎→2005（大・社）西武希望枠 | |
| 永江 恭平 | 海星高→2011西武4位 | 2011 |
| 江越 大賀 | 海星高→駒沢大→2014阪神3位 | |
| 吉田 嵩 | 海星高→徳島インディゴソックス→2015（育成）中日2位 | 2014 |
| 長崎日大 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 貝塚 政秀 | 長崎日大高→三菱重工長崎→1999西武5位 | |
| 中村 隼人 | 長崎日大高→創価大→本田技研→2000日本ハム4位 | 1993 |
| 野原 将志 | 長崎日大高→2006（高校）阪神1巡目 | |
| 宮崎 祐樹 | 長崎日大高→亜細亜大→セガサミー→2010オリックス3位 | 2003 |
| 大瀬良 大地 | 長崎日大高→九州共立大→2013広島1位 | 2009 |
| 波佐見 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 石橋 尚登 | 波佐見高→2000広島6位 | |
| 大平 成一 | 波佐見高→2007（高校）日本ハム4巡目 | |
| 松田 遼馬 | 波佐見高→2011阪神5位 | |
| 隅田 知一郎 | 波佐見高→西日本工大→2021西武1位 | 2017 |
| 島原中央 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 生田 裕之 | 島原中央高→丹羽鉦電機→あけぼの通商→1976中日2位 | |
| 藤田 宗一 | 島原中央高→西濃運輸→1997ロッテ3位 | |
| 椎葉 剛 | 島原中央高→ミキハウス→徳島インディゴソックス→2023阪神2位 | |
| 佐世保工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 白武 佳久 | 佐世保工高→日本体育大→1982広島2位 | 1978 |
| 香田 勲男 | 佐世保工高→1983巨人2位 | 1982 1983 |
| 野元 浩輝 | 佐世保工高→2016楽天7位 | |
| 瓊 浦 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 本西 厚博 | 瓊浦高→三菱重工長崎→1985阪急4位 | 1980 |
| 下柳 剛 | 瓊浦高→八幡大中退→新日鉄君津→1990ダイエー4位 | |
| 山口 信二 | 瓊浦高→新日鉄君津→1991ダイエー5位 | |
| 佐世保実 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 吉田 直喜 | 佐世保実高→青山学院大→1989オリックス2位 | |
| 村田 善則 | 佐世保実高→1992巨人5位 | 1992 |
| 川島 慶三 | 佐世保実高→九州国際大→2005（大・社）日本ハム3巡目 | |
| 清 峰 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 今村 猛 | 清峰高→2009広島1位 | 2008 |
| 古川 秀一 | 清峰高→日本文理大→2009オリックス1位 | 2005 |
| 中村 稔弥 | 清峰高→亜細亜大→2018ロッテ5位 | |
| 創成館 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 川原 陸 | 創成館高→2018阪神5位 | 2018 |
| 鴨打 瑛二 | 創成館高→2021（育成）巨人5位 | |
| 野口 恭佑 | 創成館高→九州産業大→2022（育成）阪神1位 | 2018 |
| 長崎南山 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 松田 和哉 | 長崎南山高→1991西武4位 | |
| 藤原 紘通 | 長崎南山高→福岡大→NTT西日本→2008楽天1位 | |
| 五 島 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 川崎 義通 | 五島高→電電九州→1967東映9位 | |
| 長崎商 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 松尾 輝義 | 長崎商高→1969巨人10位 | 1969 |
| 猶興館 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 尾崎 亀重 | 猶興館高→国士舘大→電電東京→1971ヤクルト8位 | |
| 口 加 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 木村 広 | 口加高→日本大→1975太平洋5位 | |
| 島原農 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 柴田 保光 | 島原農高→丹羽鉦電機→あけぼの通商→1978西武2位 | |
| 宇 久 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 増本 宏 | 宇久高→九州産大→1978大洋4位 | |
| 対 馬 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 小島 善博 | 対馬高→NTT九州→1990日本ハム3位 | |
| 島原工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 林田 堅吾 | 島原工高→アリゾナウエスタン短大→1996日本ハム8位 | |
| 長崎工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 加藤 隆行 | 長崎工高→2000阪神5位 | |
| 鎮西学院 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 土田 瑞起 | 鎮西学院高→長崎セインツ→愛媛マンダリンパイレーツ→2011（育成）巨人2位 | |
| 西 陵 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 釜元 豪 | 西陵高→2011（育成）ソフトバンク1位 | |
| 大村工 | ||
| 選手名 | 指名年度とプロ入り後の成績 | 夏の甲子園 |
| 水口 大地 | 大村工高→長崎セインツ→香川オリーブガイナーズ→2012（育成）西武1位 | |
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