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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 2001ドラフト会議は…この年から「自由獲得枠制度」が採用され、非常にややっこしいドラフト制度に変わった。 自由獲得枠とは、ドラフト会議前に、高校生以外の選手を1球団最大2名まで自由競争で契約できる制度。 |
（表は2001自由獲得枠選手）
| 球団名 | 自由獲得枠 | 自由獲得枠 |
| 日本ハム | 江尻 | 行使せず |
| 阪神 | 安藤 | 浅井 |
| ロッテ | 行使せず | 行使せず |
| 中日 | 行使せず | 行使せず |
| オリックス | 小川 | 平野 |
| 広島 | 行使せず | 行使せず |
| 西武 | 細川 | 行使せず |
| 横浜 | 行使せず | 行使せず |
| ダイエー | 行使せず | 行使せず |
| 巨人 | 行使せず | 行使せず |
| 近鉄 | 行使せず | 行使せず |
| ヤクルト | 石川 | 行使せず |
| ドラフト会議では （1）、自由枠を1つも使わなかった球団は、1巡目と3巡目で指名可（2巡目は指名できない） （2）、自由枠を1つ使った球団は、2巡目で指名可（1巡目、3巡目は指名できない） （3）、自由枠を2つとも使った球団は、1巡目、2巡目、3巡目は指名できない。 |
| ドラフト1巡目は？ 自由獲得枠を一つも使っていない球団が入札制により指名。重複した場合は抽選。 |
（水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1巡目 |
| 日本ハム | --- |
| 阪神 | --- |
| ロッテ | 喜多 |
| 中日 | 寺原 |
| オリックス | --- |
| 広島 | 大竹 |
| 西武 | --- |
| 横浜 | 寺原 |
| ダイエー | 寺原 |
| 巨人 | 寺原 |
| 近鉄 | 朝井 |
| ヤクルト | --- |
●ドラフト1巡目・重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち）
| ＜重複選手＞ 寺原＝中日、横浜、ダイエー、巨人 |
| ドラフト1巡目・抽選に外れた球団は？ 抽選に外れた球団は再度、選択希望選手を提出。重複しなかったら確定。 |
| 球団名 | 外れ1巡目 |
| 日本ハム | --- |
| 阪神 | --- |
| ロッテ | --- |
| 中日 | 前田 |
| オリックス | --- |
| 広島 | --- |
| 西武 | --- |
| 横浜 | 秦 |
| ダイエー | --- |
| 巨人 | 真田 |
| 近鉄 | --- |
| ヤクルト | --- |
| ドラフト2巡目は？ ドラフト2巡目は、自由獲得枠を一つ使った球団がウエーバー方式によって指名。 矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト2巡目 |
| 日本ハム | ↓山口 |
| 阪神 | --- |
| ロッテ | --- |
| 中日 | --- |
| オリックス | --- |
| 広島 | --- |
| 西武 | ↓中村 |
| 横浜 | --- |
| ダイエー | --- |
| 巨人 | --- |
| 近鉄 | --- |
| ヤクルト | ↓梶本 |
| ドラフト3巡目は？ ドラフト3巡目は、自由獲得枠を一つも使ってない球団がウエーバー方式によって指名。 矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト3巡目 |
| 日本ハム | --- |
| 阪神 | --- |
| ロッテ | ↓今江 |
| 中日 | ↓田上 |
| オリックス | --- |
| 広島 | ↓大島 |
| 西武 | --- |
| 横浜 | ↓小田嶋 |
| ダイエー | ↓杉内 |
| 巨人 | ↓鴨志田 |
| 近鉄 | ↓有銘 |
| ヤクルト | --- |
| ドラフト4巡目以降は？ ドラフト4巡目から全球団指名可。偶数巡目は逆ウエーバー方式でヤクルトがトップ、奇数巡目はウエーバー方式で日本ハムがトップ。矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト4巡目 | ドラフト5巡目 | ドラフト6巡目 | ドラフト7巡目 | ドラフト8巡目 |
| 日本ハム | ↑佐藤 | ↓野中 | ↑富樫 | ↓山田 | ↑村西 |
| 阪神 | ↑桜井 | ↓中林 | ↑藤原 | ↓喜田 | ↑梶原 |
| ロッテ | ↑田中 | ↓辻 | ↑富永 | ↓丸山 | 選択終了 |
| 中日 | ↑久本 | ↓前田 | ↑山井 | ↓都築 | ↑高橋 |
| オリックス | ↑島脇 | ↓早川 | ↑肥田 | ↓山本 | ↑辻 |
| 広島 | ↑石原 | ↓山本 | ↑国木 | ↓山本 | ↑筒井 |
| 西武 | ↑栗山 | ↓竹内 | 選択終了 | ||
| 横浜 | ↑岡本 | ↓田崎 | ↑千葉 | 選択終了 | |
| ダイエー | ↑神内 | ↓北野 | ↑飯島 | ↓養父 | ↑井手 |
| 巨人 | ↑石川 | ↓十川 | ↑大須賀 | ↓林 | 選択終了 |
| 近鉄 | ↑谷口 | ↓三木 | ↑佐藤 | ↓近藤 | ↑長坂 |
| ヤクルト | ↑内田 | ↓福川 | ↑萩原 | ↓五十嵐 | ↑志田 |
| 球団名 | ドラフト9巡目 | ドラフト10巡目 | ドラフト11巡目 | ドラフト12巡目 | ドラフト13巡目 |
| 日本ハム | 選択終了 | ||||
| 阪神 | ↓東 | 選択終了 | |||
| ロッテ | |||||
| 中日 | 選択終了 | ||||
| オリックス | ↓本柳 | ↑後藤 | ↓牧田 | ↑板倉 | ↓深谷 |
| 広島 | ↓天谷 | ↑天野 | 選択終了 | ||
| 西武 | |||||
| 横浜 | |||||
| ダイエー | 選択終了 | ||||
| 巨人 | |||||
| 近鉄 | 選択終了 | ||||
| ヤクルト | 選択終了 |
| 球団名 | ドラフト14巡目 | ドラフト15巡目 | |||
| 日本ハム | |||||
| 阪神 | |||||
| ロッテ | |||||
| 中日 | |||||
| オリックス | ↑藤本 | ↓橋本 | 選択終了 | ||
| 広島 | |||||
| 西武 | |||||
| 横浜 | |||||
| ダイエー | |||||
| 巨人 | |||||
| 近鉄 | |||||
| ヤクルト |
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