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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1999年ドラフト会議は…ドラフト2位までの「指定枠」、ドラフト3位以降の「任意枠」に分けて行われた。 |
| 指定枠 ドラフト会議前に、各球団は、1位、2位指名を予定する選手に対して、その球団との交渉を希望するかどうかの調査をコミッショナーに求める。（注：高校生には調査は行われない） ドラフト会議では、各球団は指定枠で指名する2選手を、1位、2位の順番をつけて同時に提出。重複しなかったら確定。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| 阪神 | 的場 | 吉野 |
| 近鉄 | 河内 | 高木 |
| 広島 | 河内 | 木村 |
| 日本ハム | 正田 | 田中賢 |
| ヤクルト | 野口 | 藤井 |
| ロッテ | 高橋薫 | 清水 |
| 横浜 | 田中一 | 木塚 |
| オリックス | 山口 | 葛城 |
| 巨人 | 高橋尚 | 谷 |
| 西武 | 高山 | 田中賢 |
| 中日 | 河内 | 田中賢 |
| ダイエー | 田中総 | 広田 |
| 指定枠で重複したら… 次の優先順位に従い、球団との選択を決定する。 （1）希望調査への回答において、当該球団との交渉を希望していることが最優先。 （2）1位指名が2位指名に優先。 （3）ともに当該球団との交渉を希望し、かつ同順位のときは抽選。 （4）ともに当該球団との交渉を希望していない場合も、同順位のときは抽選。 ただし、高校生には希望調査を行わないため、（2）の上位優先のみを適用、同順位で重複したときは抽選。 ★優先順位または抽選により選択できなかった球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。この方式により、全球団の1・2位指名が決定するまで繰り返す。 （ベースボールマガジン社発行・プロ野球ドラフト全史より引用） |
●重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち）
| ＜重複選手＞ 河内＝広島、近鉄、中日 田中賢＝日本ハム、西武、中日 |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。重複した場合は再び抽選。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| 阪神 | ||
| 近鉄 | 宮本 | |
| 広島 | ||
| 日本ハム | ||
| ヤクルト | ||
| ロッテ | ||
| 横浜 | ||
| オリックス | ||
| 巨人 | ||
| 西武 | 真山 | |
| 中日 | 朝倉 | 宮本 |
| ダイエー |
| ＜重複＞ 「1位・河内、2位・田中賢」で、両方ともに外した中日は、「1位・朝倉、2位・宮本」で、再チャレンジするが、2位にあげた宮本は近鉄が1位で指名。1位優先規定が適用され、宮本は近鉄が交渉権を獲得。中日は再々選択で福沢を指名。 |
| 任意枠 ドラフト3位以降の任意枠は、ウエーバー方式によって選択が行なわれた。 矢印は指名順。奇数回は阪神がトップ。偶数回はダイエーがトップ。 |
| 球団名 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 | ドラフト7位 |
| 阪神 | ↓岡本 | ↑新井 | ↓上坂 | ↑窪田 | ↓松田 |
| 近鉄 | ↓前田 | ↑山下 | ↓岩隈 | ↑鷹野 | ↓覚前 |
| 広島 | ↓栗原 | ↑末永 | ↓佐竹 | ↑苫米地 | ↓松本 |
| 日本ハム | ↓吉崎 | ↑佐々木 | ↓藤崎 | ↑神島 | ↓遠藤 |
| ヤクルト | ↓米野 | ↑細見 | ↓花田 | ↑本間 | 選択終了 |
| ロッテ | ↓戸部 | ↑塀内 | 選択終了 | ||
| 横浜 | ↓村西 | ↑鈴木 | ↓南 | ↑七野 | ↓中野渡 |
| オリックス | ↓迎 | ↑岩下 | 選択終了 | ||
| 巨人 | ↓佐藤 | ↑内薗 | ↓條辺 | ↑十川 | ↓宮崎 |
| 西武 | ↓大島 | ↑猪爪 | ↓貝塚 | ↑青木 | ↓後藤 |
| 中日 | ↓山北 | 選択終了 | |||
| ダイエー | ↓的場 | ↑川崎 | ↓田中 | 選択終了 |
| 球団名 | ドラフト8位 | ドラフト9位 | |||
| 阪神 | ↑高山 | 選択終了 | |||
| 近鉄 | ↑奈良 | ↓吉川 | 選択終了 | ||
| 広島 | ↑長崎 | 選択終了 | |||
| 日本ハム | 選択終了 | ||||
| ヤクルト | |||||
| ロッテ | |||||
| 横浜 | ↑八馬 | 選択終了 | |||
| オリックス | |||||
| 巨人 | 選択終了 | ||||
| 西武 | 選択終了 | ||||
| 中日 | |||||
| ダイエー |
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