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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1997年ドラフト会議は…ドラフト2位までの「指定枠」、ドラフト3位以降の「任意枠」に分けて行われた。 |
| 指定枠 ドラフト会議前に、各球団は、1位、2位指名を予定する選手に対して、その球団との交渉を希望するかどうかの調査をコミッショナーに求める。（注：高校生には調査は行われない） ドラフト会議では、各球団は指定枠で指名する2選手を、1位、2位の順番をつけて同時に提出。重複しなかったら確定。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| ロッテ | 渡辺 | 寺村 |
| 中日 | 川上 | 森 |
| ダイエー | 永井 | 篠原 |
| 阪神 | 中谷 | 井川 |
| 日本ハム | 清水 | 新沼 |
| 巨人 | 高橋 | 川中 |
| 近鉄 | 川口 | 高須 |
| 広島 | 遠藤 | 兵藤 |
| オリックス | 川口 | 前田和 |
| 横浜 | 川口 | 新沼 |
| 西武 | 安藤 | 佐藤 |
| ヤクルト | 川口 | 新沼 |
| 指定枠で重複したら… 次の優先順位に従い、球団との選択を決定する。 （1）希望調査への回答において、当該球団との交渉を希望していることが最優先。 （2）1位指名が2位指名に優先。 （3）ともに当該球団との交渉を希望し、かつ同順位のときは抽選。 （4）ともに当該球団との交渉を希望していない場合も、同順位のときは抽選。 ただし、高校生には希望調査を行わないため、（2）の上位優先のみを適用、同順位で重複したときは抽選。 ★優先順位または抽選により選択できなかった球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。この方式により、全球団の1・2位指名が決定するまで繰り返す。 （ベースボールマガジン社発行・プロ野球ドラフト全史より引用） |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 川口＝近鉄、オリックス、ヤクルト、横浜 ＜ドラフト2位＞ 新沼＝横浜、日本ハム、ヤクルト |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団は、選択できなかった位置（1位の場合は1位、2位の場合は2位、1・2位両方の場合は両方）で再度、選択希望選手を提出。重複した場合は再び抽選。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| ロッテ | ||
| 中日 | ||
| ダイエー | ||
| 阪神 | ||
| 日本ハム | 小田 | |
| 巨人 | ||
| 近鉄 | 真木 | |
| 広島 | ||
| オリックス | ||
| 横浜 | 谷口 | |
| 西武 | ||
| ヤクルト | 三上 | 五十嵐 |
| 任意枠 ドラフト3位以降の任意枠は、ウエーバー方式によって選択が行なわれた。 矢印は指名順。奇数回はロッテがトップ。偶数回はヤクルトがトップ。 |
| 球団名 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 | ドラフト7位 |
| ロッテ | ↓藤田 | ↑礒 | ↓於保 | ↑小林 | ↓白鳥 |
| 中日 | ↓正津 | ↑鈴木 | ↓井端 | ↑高橋 | ↓白坂 |
| ダイエー | ↓木村 | ↑星野 | ↓辻 | ↑笹川 | 選択終了 |
| 阪神 | ↓橋本 | ↑坪井 | ↓山岡 | ↑奥村 | 選択終了 |
| 日本ハム | ↓原田 | ↑飯山 | ↓古城 | ↑日里 | 選択終了 |
| 巨人 | ↓山田 | ↑小田 | ↓田中健 | ↑中村 | ↓吉村 |
| 近鉄 | ↓森谷 | ↑吉川 | ↓田中祐 | ↑代田 | ↓高塚 |
| 広島 | ↓林 | ↑小林 | ↓倉 | ↑青木 | ↓岩崎 |
| オリックス | ↓前田 | ↑杉本 | ↓高橋信 | ↑永田 | 選択終了 |
| 横浜 | ↓関屋 | ↑田中 | ↓宮内 | 選択終了 | |
| 西武 | ↓鳥谷部 | ↑土肥 | ↓大島 | ↑芝崎 | ↓平良 |
| ヤクルト | ↓大脇 | ↑大山 | ↓高橋郁 | 選択終了 |
| 球団名 | ドラフト8位 | ||||
| ロッテ | 選択終了 | ||||
| 中日 | ↑清水 | 選択終了 | |||
| ダイエー | |||||
| 阪神 | |||||
| 日本ハム | |||||
| 巨人 | ↑平松 | 選択終了 | |||
| 近鉄 | 選択終了 | ||||
| 広島 | ↑橋本 | 選択終了 | |||
| オリックス | |||||
| 横浜 | |||||
| 西武 | 選択終了 | ||||
| ヤクルト |
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