| 2004年（平成16年）ドラフト会議の選択方法 |
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 2004年ドラフト会議は…2001年から始まった自由獲得枠制度が引き続き採用される。 自由獲得枠とは、ドラフト会議前に、高校生以外の選手を1球団最大2名まで自由競争で契約できる制度。 |
表は自由獲得枠選手
| 球団名 | 自由獲得枠 | 自由獲得枠 |
| 横浜 | 那須野 | 染田 |
| オリックス | 金子 | 行使せず |
| 広島 | 行使せず | 行使せず |
| ロッテ | 久保 | 手嶌 |
| 阪神 | 岡崎 | 能見 |
| 日本ハム | 行使せず | 行使せず |
| 巨人 | 野間口 | 三木 |
| ダイエー | 行使せず | 行使せず |
| ヤクルト | 田中 | 松岡 |
| 中日 | 樋口 | 行使せず |
| 西武 | 行使せず | 行使せず |
| 楽天 | 一場 | 行使せず |
| ドラフト会議では ■自由枠を2つとも使った球団は、1巡目、2巡目、3巡目で指名ができない。 ■自由枠を1つ使った球団は、1巡目、3巡目で指名ができない。 ■自由枠を1つも使わなかった球団は、2巡目で指名ができない。 |
| ドラフト1巡目は？ 自由獲得枠を一つも使っていない球団が入札制により指名。重複した場合は抽選。 |
表はドラフト1巡目入札選手
| 球団名 | ドラフト1巡目 |
| 横浜 | |
| オリックス | |
| 広島 | 佐藤 |
| ロッテ | |
| 阪神 | |
| 日本ハム | ダルビッシュ |
| 巨人 | |
| ダイエー | 江川 |
| ヤクルト | |
| 中日 | |
| 西武 | 涌井 |
| 楽天 |
| ドラフト2巡目、3巡目は？ ドラフト2巡目は、自由獲得枠を一つ使った球団がウエーバー方式によって指名。 ドラフト3巡目は、自由獲得枠を一つも使ってない球団がウエーバー方式によって指名。 重複指名は認められない。 （注）新球団の楽天はウエイバー順位が最下位となる。 |
表はドラフト2、3巡目指名選手（矢印は指名順）
| 球団名 | ドラフト2巡目 | ドラフト3巡目 |
| 横浜 | ||
| オリックス | ↓光原 | |
| 広島 | ↓森 | |
| ロッテ | ||
| 阪神 | ||
| 日本ハム | ↓橋本 | |
| 巨人 | ||
| ダイエー | ↓高橋徹 | |
| ヤクルト | ||
| 中日 | ↓中田 | |
| 西武 | ↓片岡 | |
| 楽天 | ↓渡辺 |
| ドラフト4巡目以降は？ ドラフト4巡目から全球団指名可。偶数巡目は逆ウエーバー方式で巨人がトップ、奇数巡目はウエーバー方式でオリックスがトップ。重複指名は認められない。 （注）新球団の楽天はウエイバー順位が最下位となる。 |
表はドラフト4巡目以降の指名の流れ（矢印は指名順）
| 球団名 | ドラフト4巡目 | ドラフト5巡目 | ドラフト6巡目 | ドラフト7巡目 | ドラフト8巡目 |
| 横浜 | ↑藤田 | ↓岸本 | ↑石川 | ↓橋本 | ↑桑原 |
| オリックス | ↑町 | ↓田中彰 | 選択終了 | ||
| 広島 | ↑丸木 | ↓小島 | ↑梅津 | ↓金城 | ↑田中敬 |
| ロッテ | ↑竹原 | ↓大松 | ↑木興 | ↓青松 | 選択終了 |
| 阪神 | ↑橋本 | ↓大橋 | ↑赤松 | ↓高橋 | ↑辻本 |
| 日本ハム | ↑マイケル中村 | ↓市川 | ↑菊池 | ↓中村渉 | ↑鵜久森 |
| 巨人 | ↑亀井 | ↓木村 | ↑星孝 | ↓東野 | 選択終了 |
| ダイエー | ↑中西 | ↓高橋秀 | ↑加藤 | ↓定岡 | 選択終了 |
| ヤクルト | ↑川本 | ↓上原 | ↑丸山 | 選択終了 | |
| 中日 | ↑川井 | ↓鈴木 | ↑石井 | ↓中村一 | ↑小山 |
| 西武 | ↑山岸 | ↓星秀 | ↑藤原 | 選択終了 | |
| 楽天 | ↑西谷 | ↓塩川 | ↑大広 | 平石 |
| 球団名 | ドラフト9巡目 | ドラフト10巡目 | ドラフト11巡目 | ドラフト12巡目 | |
| 横浜 | ↓松家 | ↑斉藤 | 選択終了 | ||
| オリックス | |||||
| 広島 | |||||
| ロッテ | |||||
| 阪神 | ↓玉置 | ↑水落 | 選択終了 | ||
| 日本ハム | ↓工藤 | 選択終了 | |||
| 巨人 | |||||
| ダイエー | |||||
| ヤクルト | |||||
| 中日 | ↓金剛 | ↑鎌田 | ↓沢井 | ↑普久原 | 選択終了 |
| 西武 | |||||
| 楽天 |
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