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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 2000年ドラフト会議は…ドラフト2位までの「指定枠」、ドラフト3位以降の「任意枠」に分けて行われた。 |
| 指定枠 ドラフト会議前に、各球団は、1位、2位指名を予定する選手に対して、その球団との交渉を希望するかどうかの調査をコミッショナーに求める。（注：高校生には調査は行われない） ドラフト会議では、各球団は指定枠で指名する2選手を、1位、2位の順番をつけて同時に提出。重複しなかったら確定。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| 近鉄 | 山本 | 愛敬 |
| 阪神 | 藤田 | 伊達 |
| ロッテ | 田中 | 加藤 |
| 広島 | 横松 | 広瀬 |
| オリックス | 内海 | 大久保 |
| ヤクルト | 平本 | 鎌田 |
| 日本ハム | 井場 | 木元 |
| 横浜 | 内川 | 吉見 |
| 西武 | 大沼 | 三井 |
| 中日 | 中里 | 洗平 |
| ダイエー | 山村 | 山田 |
| 巨人 | 阿部 | 上野 |
| 任意枠 ドラフト3位以降の任意枠は、ウエーバー方式によって選択が行なわれた。 矢印は指名順。奇数回は近鉄がトップ。偶数回は巨人がトップ。 |
| 球団名 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 | ドラフト7位 |
| 近鉄 | ↓近沢 | ↑阿部 | ↓牧田 | ↑金谷 | 選択終了 |
| 阪神 | ↓狩野 | ↑赤星 | ↓加藤 | ↑沖原 | ↓藤本 |
| ロッテ | ↓長崎 | ↑渡辺 | ↓青野 | 選択終了 | |
| 広島 | ↓玉山 | ↑甲斐 | ↓田村 | ↑石崎 | ↓岡上 |
| オリックス | ↓上村 | ↑相木 | ↓開田 | ↑高見沢 | ↓北川 |
| ヤクルト | ↓松谷 | ↑坂元 | ↓畠山 | 選択終了 | |
| 日本ハム | ↓加藤竜 | ↑中村 | ↓山地 | ↑駒居 | ↓田中 |
| 横浜 | ↓後藤 | ↑東 | ↓鈴木 | ↑西崎 | ↓稲嶺 |
| 西武 | ↓帆足 | ↑佐藤 | ↓中島 | ↑野田 | ↓水田 |
| 中日 | ↓井本 | ↑岡本 | ↓土谷 | ↑山崎 | ↓仲沢 |
| ダイエー | ↓加藤暁 | ↑山崎 | ↓荒金 | ↑中村 | 選択終了 |
| 巨人 | ↓三浦 | ↑根市 | ↓川本 | ↑山下 | ↓小野 |
| 球団名 | ドラフト8位 | ドラフト9位 | |||
| 近鉄 | |||||
| 阪神 | ↑梶原 | 選択終了 | |||
| ロッテ | |||||
| 広島 | 選択終了 | ||||
| オリックス | ↑高橋 | ↓庄司 | 選択終了 | ||
| ヤクルト | |||||
| 日本ハム | 選択終了 | ||||
| 横浜 | ↑竹下 | ↓渡辺 | 選択終了 | ||
| 西武 | ↑福井 | 選択終了 | |||
| 中日 | ↑辻田 | 選択終了 | |||
| ダイエー | |||||
| 巨人 | ↑李 | 選択終了 |
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