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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1996年ドラフト会議は…ドラフト2位までの「指定枠」、ドラフト3位以降の「任意枠」に分けて行われた。 |
| 指定枠 ドラフト会議前に、各球団は、1位、2位指名を予定する選手に対して、その球団との交渉を希望するかどうかの調査をコミッショナーに求める。（注：高校生には調査は行われない） ドラフト会議では、各球団は指定枠で指名する2選手を、1位、2位の順番をつけて同時に提出。重複しなかったら確定。 |
（黒字は選択確定、水色字は重複）
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 |
| 阪神 | 今岡 | 関本 |
| ダイエー | 井口 | 松中 |
| 横浜 | 川村 | 森中 |
| ロッテ | 清水 | 竹清 |
| ヤクルト | 伊藤 | 岩村 |
| 近鉄 | 前川 | 大塚 |
| 広島 | 沢崎 | 黒田 |
| 西武 | 玉野 | 森 |
| 中日 | 小山 | 森野 |
| 日本ハム | 矢野 | 今井 |
| 巨人 | 入来 | 小野 |
| オリックス | 杉本 | 谷 |
| 任意枠 ドラフト3位以降の任意枠は、ウエーバー方式によって選択が行なわれた。 矢印は指名順。奇数回は阪神がトップ。偶数回はオリックスがトップ。 |
| 球団名 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 | ドラフト7位 |
| 阪神 | ↓浜中 | ↑星山 | 選択終了 | ||
| ダイエー | ↓柴原 | ↑倉野 | ↓岡本 | ↑村上 | ↓新里 |
| 横浜 | ↓大野 | ↑石井 | ↓神田 | 選択終了 | |
| ロッテ | ↓川俣 | ↑小林 | ↓小坂 | ↑柳沼 | 選択終了 |
| ヤクルト | ↓山崎 | ↑小野 | ↓副島 | 選択終了 | |
| 近鉄 | ↓礒部 | ↑中浜 | ↓斉藤 | ↑大久保 | ↓岩村 |
| 広島 | ↓河野 | ↑福良 | 選択終了 | ||
| 西武 | ↓谷中 | ↑和田 | ↓馬渕 | ↑青木 | ↓古屋 |
| 中日 | ↓幕田 | ↑中野 | ↓山田 | ↑佐藤 | ↓筒井 |
| 日本ハム | ↓小笠原 | ↑生駒 | ↓高橋憲 | ↑村上 | ↓高橋信 |
| 巨人 | ↓三沢 | ↑鈴木 | ↓宇野 | ↑堀田 | 選択終了 |
| オリックス | ↓塩崎 | ↑佐竹 | ↓栗山 | 選択終了 |
| 球団名 | ドラフト8位 | ||||
| 阪神 | |||||
| ダイエー | 選択終了 | ||||
| 横浜 | |||||
| ロッテ | |||||
| ヤクルト | |||||
| 近鉄 | 選択終了 | ||||
| 広島 | |||||
| 西武 | 選択終了 | ||||
| 中日 | ↑宮越 | 選択終了 | |||
| 日本ハム | ↑林田 | 選択終了 | |||
| 巨人 | |||||
| オリックス |
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