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| ヤクルト | 広島 | 大洋 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | 阪急 | 西武 | 日本ハム | 南海 | 選択方法 |
 1986年ドラフト会議は…選択は六回に分けて行ない、各回ごとに1名の希望選手を12球団同時に提出。単独入札の場合は選択確定。重複した場合は抽選。 |
| 入札選手（水色字は重複、黒字は単独入札） |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| ヤクルト | 近藤 | 山越 | 内藤 | 飯田 | 佐々木 | 鈴木 |
| 南海 | 田嶋 | 森浩 | 右田 | 山本 | ― | ― |
| 中日 | 近藤 | 山崎 | 西村 | 荒川 | 長谷部 | 本村 |
| 日本ハム | 近藤 | 筒井 | 青柳 | 南出 | 川村 | 広野 |
| 大洋 | 阿波野 | 石井 | 松村 | 大野 | 塩崎 | 榊原 |
| ロッテ | 関 | 水沢 | 青柳 | 佐藤 | 永野 | 大美 |
| 阪神 | 近藤 | 水沢 | 八木 | 多岐 | 長谷部 | 真鍋 |
| 阪急 | 田嶋 | 山越 | 中嶋 | 樽見 | 島袋 | ― |
| 巨人 | 阿波野 | 水沢 | 高田 | 樽見 | 勝呂 | 緒方耕 |
| 近鉄 | 阿波野 | 中村良 | 真喜志 | 中藤 | 杉本 | 大村 |
| 広島 | 近藤 | 小野 | 緒方孝 | 佐藤 | ― | ― |
| 西武 | 森山 | 中村日 | 小川 | 山本 | 亀井 | 山尾 |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 近藤＝ヤクルト、中日、日本ハム、阪神、広島 田嶋＝南海、阪急 阿波野＝大洋、巨人、近鉄 ＜ドラフト2位＞ 山越＝ヤクルト、阪急 水沢＝ロッテ、阪神、巨人 ＜ドラフト3位＞ 青柳＝日本ハム、ロッテ ＜ドラフト4位＞ 山本＝南海、西武 佐藤＝ロッテ、広島 樽見＝阪急、巨人 ＜ドラフト5位＞ 長谷部＝中日、阪神 |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団はウエーバー方式で希望選手を指名。矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| ヤクルト | ↓西岡 | ↑土橋 | ||||
| 南海 | ↑大塚 | |||||
| 中日 | ||||||
| 日本ハム | ↓西崎 | ↓名洗 | ||||
| 大洋 | ↓友利 | |||||
| ロッテ | ↑森 | |||||
| 阪神 | ↓猪俣 | ↑嶋尾 | ↓高橋 | |||
| 阪急 | ↓高木 | ↑藤井 | ||||
| 巨人 | ↓木田 | |||||
| 近鉄 | ||||||
| 広島 | ↓栗田 | ↑望月 | ||||
| 西武 |
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