| 第39回ドラフト会議の選択方法 2003年（平成15年） |
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 2003ドラフト会議は…2001年から始まった自由獲得枠制度が引き続き採用される。自由獲得枠とは、ドラフト会議前に、高校生以外の選手を1球団最大2名まで自由競争で契約できる制度。 |
表は自由獲得枠選手
| 球団名 | 自由獲得枠 | 自由獲得枠 |
| 横浜 | 森 | 吉川 |
| オリックス | 歌藤 | 行使せず |
| 広島 | 行使せず | 行使せず |
| 日本ハム | 糸井 | 行使せず |
| ヤクルト | 川島 | 行使せず |
| ロッテ | 行使せず | 行使せず |
| 巨人 | 内海 | 行使せず |
| 近鉄 | 香月 | 行使せず |
| 中日 | 行使せず | 行使せず |
| 西武 | 山崎 | 行使せず |
| 阪神 | 鳥谷 | 筒井 |
| ダイエー | 馬原 | 行使せず |
| ドラフト会議では ■自由枠を2つとも使った球団は、1巡目、2巡目、3巡目で指名ができない。 ■自由枠を1つ使った球団は、1巡目、3巡目で指名ができない。 ■自由枠を1つも使わなかった球団は、2巡目で指名ができない。 |
| ドラフト1巡目は？ 自由獲得枠を一つも使っていない球団が入札制により指名。重複した場合は抽選。 |
表はドラフト1巡目入札選手
| 球団名 | ドラフト1巡目 |
| 横浜 | |
| オリックス | |
| 広島 | 白浜 |
| 日本ハム | |
| ヤクルト | |
| ロッテ | 内 |
| 巨人 | |
| 近鉄 | |
| 中日 | 中川 |
| 西武 | |
| 阪神 | |
| ダイエー |
| ドラフト2巡目、3巡目は？ ドラフト2巡目は、自由獲得枠を一つ使った球団がウエーバー方式によって指名。 ドラフト3巡目は、自由獲得枠を一つも使ってない球団がウエーバー方式によって指名。 重複指名は認められない。 |
表はドラフト2、3巡目指名選手（矢印は指名順）
| 球団名 | ドラフト2巡目 | ドラフト3巡目 |
| 横浜 | ||
| オリックス | ↓柴田 | |
| 広島 | ↓比嘉 | |
| 日本ハム | ↓須永 | |
| ヤクルト | ↓山田 | |
| ロッテ | ↓杉原 | |
| 巨人 | ↓西村 | |
| 近鉄 | ↓吉良 | |
| 中日 | ↓石川 | |
| 西武 | ↓黒瀬 | |
| 阪神 | ||
| ダイエー | ↓城所 |
| ドラフト4巡目以降は？ ドラフト4巡目から全球団指名可。偶数巡目は逆ウエーバー方式で巨人がトップ、奇数巡目はウエーバー方式でオリックスがトップ。重複指名は認められない。 |
表はドラフト4巡目以降の指名の流れ（矢印は指名順）
| 球団名 | ドラフト4巡目 | ドラフト5巡目 | ドラフト6巡目 | ドラフト7巡目 | ドラフト8巡目 |
| 横浜 | ↑牛田 | ↓呉本 | 選択終了 | ||
| オリックス | ↑嶋村 | ↓野村 | ↑松村 | ↓小島 | ↑由田 |
| 広島 | ↑尾形 | ↓仁部 | 選択終了 | ||
| 日本ハム | ↑押本 | ↓稲田 | ↑金森 | ↓渡部 | 選択終了 |
| ヤクルト | ↑青木 | ↓吉田 | ↑佐藤 | 選択終了 | |
| ロッテ | ↑田中 | ↓三島 | ↑成瀬 | ↓藤井 | 選択終了 |
| 巨人 | ↑平岡 | ↓岩館 | ↑山本 | ↓佐藤 | ↑南 |
| 近鉄 | ↑坂 | ↓新里 | ↑中本 | ↓栗田 | 選択終了 |
| 中日 | ↑佐藤 | ↓中村 | ↑堂上 | ↓川岸 | ↑小川 |
| 西武 | ↑松川 | ↓松坂 | ↑岡本 | ↓佐藤 | ↑杉山 |
| 阪神 | ↑桟原 | ↓小宮山 | ↑庄田 | 選択終了 | |
| ダイエー | ↑明石 | ↓榎本 | ↑金子 | ↓三瀬 | ↑竹岡 |
| 球団名 | ドラフト9巡目 | ||||
| 横浜 | |||||
| オリックス | 選択終了 | ||||
| 広島 | |||||
| 日本ハム | |||||
| ヤクルト | |||||
| ロッテ | |||||
| 巨人 | 選択終了 | ||||
| 近鉄 | |||||
| 中日 | 選択終了 | ||||
| 西武 | 選択終了 | ||||
| 阪神 | |||||
| ダイエー | 選択終了 |
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