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| ヤクルト | 広島 | 大洋 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1988年ドラフト会議は…選択は六回に分けて行ない、各回ごとに1名の希望選手を12球団同時に提出。単独入札の場合は選択確定。重複した場合は抽選。 |
| 入札選手（水色字は重複、黒字は単独入札） |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| 阪神 | 中込 | 鶴見 | 金子 | 岩田 | 渡辺伸 | 鮎川 |
| ロッテ | 酒井 | 岡 | 渡辺英 | 初芝 | 西山 | 平井 |
| ヤクルト | 川崎 | 岡 | 笘篠 | 幸田 | 関根 | 天野 |
| ダイエー | 中島 | 岡 | 川名 | 村上 | 山之内 | 太田暁 |
| 大洋 | 谷繁 | 宮里 | 井上 | 堀江 | 石田 | 佐野 |
| オリックス | 酒井 | 小川 | 中村 | 山崎 | 戸羽 | 芦刈 |
| 広島 | 野村 | 岡 | 畝 | 近藤 | 江藤 | 千代丸 |
| 日本ハム | 中島 | 鈴木 | 川名 | 上岡 | 難波 | 矢作 |
| 巨人 | 川崎 | 岡 | 佐川 | 四條 | 前田 | 高梨 |
| 近鉄 | 米崎 | 宮里 | 田口 | 赤堀 | 桑 | 太田暁 |
| 中日 | 今中 | 大豊 | 山口 | 中嶋 | 酒井忠 | 清水 |
| 西武 | 渡辺智 | 石井 | 川名 | 青野 | 小久保 | ― |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 川崎＝ヤクルト、巨人 中島＝ダイエー、日本ハム 酒井＝ロッテ、オリックス ＜ドラフト2位＞ 岡＝ロッテ、ヤクルト、ダイエー、広島、巨人 宮里＝大洋、近鉄 ＜ドラフト3位＞ 川名＝ダイエー、日本ハム、西武 ＜ドラフト6位＞ 太田暁＝ダイエー、近鉄 |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団はウエーバー方式で希望選手を指名。矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| 阪神 | ||||||
| ロッテ | ↓前田 | ↑今野 | ||||
| ヤクルト | ||||||
| ダイエー | ↓篠田 | ↑御船 | ↓松本 | ↑太田勝 | ||
| 大洋 | ||||||
| オリックス | ||||||
| 広島 | ↑佐藤 | |||||
| 日本ハム | ||||||
| 巨人 | ↓吉田 | ↑松谷 | ||||
| 近鉄 | ↑中根 | |||||
| 中日 | ||||||
| 西武 | ↓垣内 |
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