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| ヤクルト | 広島 | 大洋 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1989年ドラフト会議は…選択は六回に分けて行ない、各回ごとに1名の希望選手を12球団同時に提出。単独入札の場合は選択確定。重複した場合は抽選。 |
| 入札選手（水色字は重複、黒字は単独入札） |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| ロッテ | 野茂 | 小林 | 鈴木俊 | 南渕 | 鹿野 | 林 |
| 大洋 | 野茂 | 東瀬 | 平塚 | 今久留主 | 川端 | 知野 |
| 日本ハム | 野茂 | 岩本 | 前間 | 舟山 | 宮川 | 有倉 |
| 阪神 | 野茂 | 岡本 | 麦倉 | 古里 | 新庄 | 吉田 |
| ダイエー | 野茂 | 金沢 | 前間 | 西 | 馬場 | 田代 |
| ヤクルト | 野茂 | 古田 | 吉岡 | 古里 | 松元 | 広沢 |
| 西武 | 潮崎 | 鈴木哲 | 大塚 | 宮地 | 佐伯 | 北原 |
| 中日 | 与田 | 井上 | 松永 | 古里 | 山田 | 種田 |
| オリックス | 野茂 | 金沢 | 麦倉 | 藤本 | 松山 | 佐々木 |
| 広島 | 佐々岡 | 仁平 | 前間 | 前田 | 松元 | 浅井 |
| 近鉄 | 野茂 | 畑山 | 石井 | 藤立 | 平江 | 入来 |
| 巨人 | 大森 | 川辺 | 吉岡 | 佐久間 | 鈴木望 | 浅野 |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 野茂＝ロッテ、大洋、日本ハム、阪神、ダイエー、ヤクルト、オリックス、近鉄 ＜ドラフト2位＞ 金沢＝オリックス、ダイエー ＜ドラフト3位＞ 前間＝日本ハム、広島、ダイエー 麦倉＝オリックス、阪神 吉岡＝巨人、ヤクルト ＜ドラフト4位＞ 古里＝中日、ヤクルト、阪神 ＜ドラフト5位＞ 松元＝広島、ヤクルト |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団はウエーバー方式で希望選手を指名。矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| ロッテ | ↓小宮山 | |||||
| 大洋 | ↓佐々木 | |||||
| 日本ハム | ↓酒井 | ↓中山 | ||||
| 阪神 | ↓葛西 | |||||
| ダイエー | ↓元木 | ↓橋本 | ||||
| ヤクルト | ↓西村 | ↓黒須 | ↑押尾 | |||
| 西武 | ||||||
| 中日 | ↑松井 | |||||
| オリックス | ↓佐藤 | ↑吉田 | ↓高橋 | |||
| 広島 | ↓山口 | |||||
| 近鉄 | ||||||
| 巨人 |
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