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| ヤクルト | 広島 | 大洋 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 近鉄 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ダイエー | 選択方法 |
 1990年ドラフト会議は…選択は六回に分けて行ない、各回ごとに1名の希望選手を12球団同時に提出。単独入札の場合は選択確定。重複した場合は抽選。 |
| 入札選手（水色字は重複、黒字は単独入札） |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| 阪神 | 小池 | 関川 | 高橋 | 田村 | 嶋田 | 伴 |
| ダイエー | 木村 | 内之倉 | 江口 | 下柳 | 足利 | 村松 |
| ヤクルト | 小池 | 小坂 | 高津 | 新井 | 原英 | 伊林 |
| ロッテ | 小池 | 定詰 | 五十嵐 | 吉井 | 池田 | 榎 |
| 中日 | 小池 | 矢野 | 五十嵐 | 吉田 | 森田 | 寺西 |
| 日本ハム | 小池 | 石本 | 小島 | 南 | 小牧 | 真栄喜 |
| 大洋 | 水尾 | 宮川 | 加藤 | 鈴木 | 米 | 渡部 |
| 近鉄 | 小池 | 内之倉 | 野村 | 柴田 | 伊藤 | 宮下 |
| 広島 | 小池 | 内之倉 | 高橋 | 新井 | 小林 | 松本 |
| オリックス | 長谷川 | 戎 | 野村 | 岩崎 | 山本 | ― |
| 巨人 | 元木 | 矢野 | 藤崎 | 阿部 | 原正 | 内田 |
| 西武 | 小池 | 奈良原 | 犬伏 | 親富祖 | 内山 | ― |
| 重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち） |
| ＜ドラフト1位＞ 小池＝西武、近鉄、日本ハム、ロッテ、広島、中日、ヤクルト、阪神 ＜ドラフト2位＞ 内之倉＝広島、近鉄、ダイエー 矢野＝ 巨人、中日 ＜ドラフト3位＞ 野村＝オリックス、近鉄 五十嵐＝ ロッテ、中日 高橋＝広島、阪神 ＜ドラフト4位＞ 新井＝広島、ヤクルト |
| 抽選に外れた球団は・・・ 抽選に外れた球団はウエーバー方式で希望選手を指名。矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト1位 | ドラフト2位 | ドラフト3位 | ドラフト4位 | ドラフト5位 | ドラフト6位 |
| 阪神 | ↓湯舟 | ↓山崎 | ||||
| ダイエー | ||||||
| ヤクルト | ↓岡林 | |||||
| ロッテ | ||||||
| 中日 | ↓小島 | ↓山本 | ||||
| 日本ハム | ↓住吉 | |||||
| 大洋 | ||||||
| 近鉄 | ↓寺前 | ↑水口 | ↓佐野 | |||
| 広島 | ↓瀬戸 | ↑小野 | ↑山崎 | |||
| オリックス | ||||||
| 巨人 | ↑吉原 | |||||
| 西武 | ↓長見 |
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