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| ヤクルト | 広島 | 横浜 | 阪神 | 中日 | 読売 | ドラフト概要 |
| 楽天 | ロッテ | オリックス | 西武 | 日本ハム | ソフトバンク | 選択方法 |
 2006ドラフトは？高校ドラフトと大学・社会人ドラフトに分離され、選択方法も非常にややっこしくなった。 球団はドラフト前の所定の日までに、高校ドラフトでの入札抽選（1巡目）に参加するかどうか、大学・社会人ドラフトに関わる希望入団枠を使用するかどうかをコミッショナー事務局に届け出なければならない。 高校ドラフトの入札抽選（1巡目）に不参加の球団は、大学・社会人ドラフトで2巡目の指名権を得ることができる。 大学・社会人ドラフトにおける希望入団枠を使用しない球団は、高校ドラフトで2巡目の指名権を得ることができる。 |
| 高校ドラフト1巡目は？ 全球団が参加表明。1巡目は入札・抽選制によって行われた。単独指名の場合はその球団の選択が確定。 |
（水色字は重複）
| 球団名 | 1巡目入札選手 |
| 横浜 | 田中 |
| 楽天 | 田中 |
| 広島 | 前田 |
| オリックス | 田中 |
| 巨人 | 堂上 |
| ロッテ | 大嶺 |
| ヤクルト | 増渕 |
| ソフトバンク | 大嶺 |
| 阪神 | 堂上 |
| 西武 | 増渕 |
| 中日 | 堂上 |
| 日本ハム | 田中 |
●高校ドラフト1巡目・重複選手の抽選（赤字は抽選勝ち）
| ＜重複選手＞ 田中＝横浜、楽天、オリックス、日本ハム 堂上＝巨人、阪神、中日 大嶺＝ロッテ、ソフトバンク 増渕＝ヤクルト、西武 |
| 高校ドラフト1巡目、抽選に外れた球団は？ 抽選に外れた球団はウエイバー順で別の選手の指名を行う。矢印は指名順。 |
| 球団名 | 外れ1巡目選手 |
| 横浜 | ↓北 |
| 楽天 | --- |
| 広島 | --- |
| オリックス | ↓延江 |
| 巨人 | ↓坂本 |
| ロッテ | --- |
| ヤクルト | --- |
| ソフトバンク | ↓福田 |
| 阪神 | ↓野原 |
| 西武 | ↓木村 |
| 中日 | --- |
| 日本ハム | ↓吉川 |
| 高校ドラフト2巡目は？ 2巡目は希望入団枠（大学・社会人）を使用しない球団のみ参加。ウエイバー順で指名を行う。 |
| 球団名 | ドラフト2巡目 |
| 横浜 | --- |
| 楽天 | --- |
| 広島 | --- |
| オリックス | --- |
| 巨人 | --- |
| ロッテ | ↓佐藤 |
| ヤクルト | --- |
| ソフトバンク | --- |
| 阪神 | --- |
| 西武 | --- |
| 中日 | --- |
| 日本ハム | --- |
| 高校ドラフト3巡目以降は？ 全球団が参加。3巡目はウエイバー順で行い、4巡目はその逆順、以後交互に繰り返し折り返しで指名する。矢印は指名順。 |
| 球団名 | ドラフト3巡目 | ドラフト4巡目 | ドラフト5巡目 | ドラフト6巡目 |
| 横浜 | ↓梶谷 | ↑高森 | （選択終了） | |
| 楽天 | ↓山本 | （選択終了） | ||
| 広島 | ↓会澤 | （選択終了） | ||
| オリックス | ↓梅村 | ↑仁藤 | ↓土井 | （選択終了） |
| 巨人 | ↓田中 | ↑伊集院 | （選択終了） | |
| ロッテ | ↓黒滝 | （選択終了） | ||
| ヤクルト | ↓上田 | ↑山田 | （選択終了） | |
| ソフトバンク | ↓伊奈 | ↑李 | （選択終了） | |
| 阪神 | ↓橋本 | ↑横山 | （選択終了） | |
| 西武 | ↓朱 | （選択終了） | ||
| 中日 | ↓福田 | （選択終了） | ||
| 日本ハム | ↓植村 | ↑ダース | （選択終了） |
| 全球団が「選択終了」になった時点で終了。 （選択可能選手は日本高野連からプロ志望選手として公示されている103選手に限る） |
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